Notes techniques - gènes personnalisés

Un projet d’expression hétérologue de protéines peut être exigeant. Parmi les nombreux facteurs qui influencent la réussite de l’expression, la séquence codante utilisée joue souvent un rôle central. Il peut être avantageux de redessiner ou de créer de novo une séquence d’ADN favorable à l’expression à partir de la séquence protéique.

Une expression faible ou absente, des protéines tronquées et des erreurs d’incorporation d’acides aminés sont les conséquences les plus courantes du biais de codons et d’un pool d’ARNt déséquilibré.

Ce problème a été largement étudié pour l’expression chez E. coli. Il est parfaitement illustré par les codons de l’arginine AGG et AGA, reconnus par le même ARNt, qui sont très rarement présents dans les ORF fortement exprimés d’E. coli alors qu’ils sont nettement plus fréquents chez de nombreux autres organismes. Il est donc souvent préférable de les remplacer par des codons plus fréquemment utilisés par l’organisme hôte, par exemple CGT ou CGC.