Dans certains cas, afin d’améliorer les chances de produire des anticorps efficaces, on peut choisir plusieurs des peptides identifiés comme antigènes au sein de la même protéine et les utiliser dans un protocole de co-immunisation. Mathématiquement, les chances d’obtenir des anticorps qui reconnaissent la protéine cible sont d’autant plus grandes que le nombre d’épitopes dérivés de cette protéine est plus grand. Mais, de manière concommittante, on peut constater un léger accroissement du bruit de fond.
Un mélange équimolaire de 3 conjugués KLH a servi d’immunogène chez 2 lapins. Après le protocole de co-immunisation les antisera ont été prélevés et les ELISA effectuées. Les antisera étaient positifs vis à vis des 3 peptides. La réponse spécifique était plus de 10 fois supérieure à celle des séra pré-immuns.