Dans certains cas, afin d’améliorer les chances de produire des anticorps efficaces, on peut choisir plusieurs des peptides identifiés comme antigènes au sein de la même protéine et les utiliser dans un protocole de co-immunisation. Mathématiquement, les chances d’obtenir des anticorps qui reconnaissent la protéine cible sont d’autant plus grandes que le nombre d’épitopes dérivés de cette protéine est plus grand. Mais, de manière concommittante, on peut constater un léger accroissement du bruit de fond.

Chaque peptide est synthétisé, purifié et conjugué à KLH individuellement. Les conjugués sont ensuite utilisés en mélange équimolaire comme immunogène. Les antisera sont titrés par ELISA contre chaque peptide séparément.