Um die Probleme, die mit den sogenannten „codon bias“ bei der heterologen Exprimierung von Proteinen verbunden sind, zu umgehen, ist es notwendig die „wild-type” DNA Sequenzen zu bearbeiten. Dabei werden die Codons der „wild-type“ DNA so umgeschrieben, dass sie von den jeweiligen „Host“ Organismen, in denen die Proteine exprimiert werden sollen, gut „verstanden“ werden können (Codon Optimierung). Die Codon Optimierung führt bei vielen heterologen Proteinexpressionen zu guten Ergebnissen. Darüberhinaus besteht die Möglichkeit einer weitergehenden Bearbeitung der „wild-type” DNA. So können die Expression störende Sequenzmotive, wie „repeats“ oder „hair pins“ beseitigt werden und andere DNA-Motive wie z.B. Tags, Restriktionsschnittstellen und Stop codons hinzugefügt werden.